L’OAPI comprend trois organes :

Le Conseil d'Administration qui est doté de tous les pouvoirs réglementaires et de contrôle. II est composé des Ministres chargés de l'industrie des dix-sept (17) Etats membres.

La Commission Supérieure de Recours qui est compétente pour connaître des recours formés contre les décisions de rejet de demandes de titres de propriété industrielle prises par le Directeur Général. Elle connaît également des recours formés contre les décisions sur les oppositions, les demandes de restauration et d'inscription au registre spécial. Elle connaît enfin des recours contre les décisions de radiation des mandataires. Elle est composée de six magistrats, dont trois titulaires et trois suppléants, tous ressortissants des Etats membres de I'OAPI.

La Direction Générale, placée sous l'autorité d'un Directeur Général, qui est l'organe exécutif de l'Organisation. Elle assure la gestion et la continuité de l'Organisation au quotidien. Le Directeur est nommé pour un mandat de cinq (5) ans renouvelable une fois.